برخی از نزدیکان فکری دکتر جهانبگلو می‌گویند که ممکن است مصاحبه انتقادآمیز او در خارج از کشور در باره افسانه خواندن کشتار یهودیان توسط رییس جمهور ایران دلیلی برای دستگیری او بوده باشد. اما برخی از ناظران سیاسی و فرهنگی بر این نظرند که دستگیری دکتر جهانبگلو در رابطه با تلاش محافظه‌کاران است برای سرکوب حاملان افکار مدرن و سکولار